ご確認ありがとうございます。
一部情報不足で申し訳ありません。
ご指摘事項に基づき私の方で再度確認しました。
複数ファイルの場合は問題なく、
ソート順が異なってしまうのは、
単一のFLACファイル（cueシートによる同一ファイルで複数トラック再生）、
且つ「%_FILENAME%,%DISCNUMBER,4INT%,%TRACKNUMBER,4INT%」
のオプション引数「4INT%」が含まれる場合のようです。
設定が空欄または「「%_FILENAME%,%DISCNUMBER%,%TRACKNUMBER%」
の場合は正しいソート順で表示されます。
上述の設定値は旧バージョンからデフォルト値としてで指定されていた値で、
私の旧環境（Ver 4.3.2）では正しいソート順で表示されていましたが、
Ver 4.4.5は正しいソート順で表示されないため、
ご確認をお願いした次第です。
よろしくお願いします。