その後、JRiver Media Center 26.0.80 (64-bit)とfoobar2000(1.5.4)でも再生してみました。その結果、JRiver Media Centerは同様のノイズが発生しました。(リサンプラーの有無はよくわかりません)一方、foobar2000は、初期状態のリサンプラーなしではノイズは出ませんでしたが、Resampler (PPHS)を有効に(96000Hz)すると、やはりノイズが出ました。
よくわかりませんが、352.8kHzというあまり例のないレートのこのファイルに問題があるのでしょうか。