もうひとつ、気のついた点があります。
これはfidataにかぎらず、TuneBrowser単体でもそうなのですが、Tree Viewでフォルダーツリー上のあるフォルダを選択した場合、そのフォルダだけでなく、子フォルダも含めたすべてのファイルを対象にします。その動作が現れているということはないでしょうか。最初のコメントで「同じものが3回登録されます」と書かれているので、そうではないとは思うのですが、念のための確認です。
また763 x 3 = 2289で、2253とは微妙にちがいますが、そのあたりでなにかお気づきのことはないですか。