Tikiさん、追加報告します。
埋込みCUESHEETのFLACの1つをTuneBrowserのプロパティで見るとAlbum Artistフィールドは空白で、<ALBUMARTIST>フィールドに（foobar2000で入力した）Album Artist情報が入っています。また、Artistフィールドの区切り文字がセミコロンからカンマに変換されています。※foobar2000で見るとセミコロンのまま。
この状態から<ALBUMARTIST>を空白にして、Artistのカンマをセミコロンに変更すると、
TuneBrowser：期待した結果を返す
foobar2000：CueSheetが消える（foobar2000のCueSheet Editorで開くと空白）
以上のようになります。