こんばんわ。
先ほどリリースした4.17.0.1546で、ファイルの削除を操作した挙動については改善できているのではないかと思います。もうひとつご指摘いただいていた、TuneBrowserが動作していない状態での内部プレイリストファイルの操作(追加/削除)については、その検出はCrawlerで行っており、わたしの環境ではしばらく待っていると検出できているようでした。
CrawlerはTuneBrowserの起動後、すこし落ち着いてから動作をはじめるようになっているので、動作開始までしばらく時間がかかります。今回のリリースでは、いちおう内部プレイリストファイルのフォルダを最初に確認するように変更してみました。
どうぞよろしくお願いします。