Tiki様、
既に問題点を発見されたとのことですので蛇足になりますが、176.4kHzのFLACを追加し、今度はASIOでAAC 44.1kHzからリサンプルした場合を調べてみたところ、以下のようにASIOでもノイズが発生していました。昨晩はたまたまノイズが出ない組み合わせだったようです。ーはDAC未対応のレートです。
48.0kHz 88.2kHz 96.0kHz 176.4kHz
Base OK OK OK OK
Basex2 OK × OK ×
Basex4 OK × OK ×
Basex8 OK × OK ×
x2 OK OK OK OK
x4 OK OK OK ー
x8 OK ー ー ー
44100Hz OK OK OK OK
48000Hz OK OK OK OK
88200Hz × × × ×
96000Hz OK OK OK OK
176400Hz × × × ×
192000Hz × × × ×
352800Hz × × × ×
384000Hz × × × ×
705600Hz ー ー ー ー
768000Hz ー ー ー ー
44.1系と48.0系で違いが出ていました。これが仰っているデータ型によるものなのか、当方のDACとの相性なのか私には判断できませんが、ご参考になれば幸いです。