Tiki様、はじめまして。TuneBrowserを使わせていただいております。
この件ちょっと試してみたところ、私の環境でもある条件において発生しました。状況は以下の通りです。
（１）mp3やAACの圧縮音源→FLAC、ALACの「ハイレゾ音源」 のときに、
・WASAPIかつリサンプリングがONの状態で「ビッ」という音がなる。
・WASAPIかつリサンプリングがOFFではノイズはならない。
・ASIOの場合はリサンプリングON/OFFのどちらもノイズはならない。
（２）ｍｐ３やAACの圧縮音源→FLAC、ALACの「４４．１ｋHz音源」のときは、ノイズは出ない。
Windows10 Home 64bit
TuneBrowser AVX2 4.15.0
DAC アミュレック AL-38432DS
以上、ご参考になれば幸いです。