こんばんわ。
その後動作を確認していて、変換後のファイル名の生成に不具合があることがわかりました。
おそらく「CUESHEETに沿ってファイル分割する」をYesに設定されて使用されていると思いますが、ここをYesにしていると、CUESHEET (SubSong)でない通常のファイルにもここで指定したファイル名のクエリが適用されてしまうようです。
もしCUESHEETを使用されていないのであれば、ここをNoに設定してみてください。そうすると、説明文どおり通常のファイルは元のファイル名を使用するようになるのではないかと思います。