こんばんわ。
TuneBrowserの登録した楽曲の情報が消える場合、明示的にデータベースからの削除を操作された、何らかの理由でデバイスから読み出せなくなった、誤ったファイルでリストアした、などいくつかの要因が考えられます。
デバイスから読み出せなくなった場合、ドライブそのものが存在していない場合は、リムーバブルメディアの可能性を考慮して既定の設定では自動では削除されませんし、C:ドライブは一般にOSなどが入ったシステムドライブですので、これは考えづらいですね。
すでにお試しになったように、データベースの登録情報は簡単に復活させることができますので、削除の確認メッセージなどは出していません。
以前ユーザの方のご要望があり実際のファイルを削除する機能もありますが、その場合は削除の確認メッセージが表示されます。
また再現するようでしたら、ご連絡いただけますか。よろしくお願いします。