こんばんわ。
プログラミング上解決が難しいということならば仕方が無いと思います。
必要なファイルを削除しているのは、TuneBrowserではなく他社のソフトです。その他社ソフトがなにを考えてそのように動作したのか、というのは、公開情報がなければわたしには決してわかりませんし、「削除されないようなプログラムにする」方法も知りようがありません。おわかりいただけますでしょうか。TuneBrowserはなにも悪いことはしていません。
できるとすれば、ユーザの方に検体を提出いただくか、その他社ソフトのほうに「消さないように」とクレームを入れていただくことになるかと思います。わたしのほうからベンダーに抗議するということもやり方としてあるのですが、過去、主としてNortonでいろいろとやってきて、大変に疲弊する調整になりますので、現在はその気力がありません。
バックアップは、過去このフォーラムで何度か話題になっていますが、設定のエクスポートで設定類は保存しておくことができます。データベースは現在は課題のままです。