こんばんわ。
たぶん原因がわかったと思います。すくとなくも、わたしの環境では同様の編集操作を行っても、foobar2000で読み込むことができるようになりました。
TuneBrowserはID3v2のアクセスにオープンソースを利用させてもらっているのですが、その処理内で、タグデータが短くなった場合 (つまり今回のように値を削除した場合)、末尾のパディング領域部分に古いデータが残ってしまうことがわかりました。「古いデータ」はいわゆるゴミデータ状態で、たいていは正しい形式ではないので、これを異常だと検知しているのだと思います。この動作を修正して、ゼロで埋めるようにすると、読み込めるようになりました。
hironiiさんは、デスクトップ版をご利用でしょうか? ある程度PC利用上のスキルをお持ちかと思いましたので、もしよろしければ、添付ファイルをダウンロードしていただき、解凍するとDLLファイルが出てきますので、TuneBrowserをインストールされたフォルダに上書きしてみてください (TuneBrowserは終了した状態で操作してください)。
添付ファイルはx64版です。もし万一x86(Win32)版をご利用でしたら、ご利用にならないで、その旨を教えてください。また操作に不安があるようでしたら、もちろん実施していただかなくて結構です。
このDLLは、そのオープンソースをビルドして、DLL化したものです。通常のTuneBrowserのインストールパッケージに含まれています。このDLLの入れ替えで、今回の症状は改善できるかと思います。
万一、予期しない異常が発生した場合は、再度TuneBrowserを (アンインストールせずに) インストールしていただくと、もとに戻ります.
他の件との兼ね合いで、インストールパッケージとしてのリリースはすこし先になりそうですので、よろしければお試しください。