こんばんわ。
すいません、もうすこし教えてください。トピックの最初で書かれていた一連の操作は、すべてTuneBrowser上で行われたのでしょうか。
もしエクスプローラなどもご利用になっている場合、UWP版のアプリのフォルダは仮想化されているため、実際には別の (隔離された) フォルダにリダイレクトされています。そのため、エクスプローラでアクセスできるフォルダの内容を変更しても、TuneBrowserの仮想化されたフォルダの内容は変わらないということが発生します。
もしテーマファイルを直接編集したいなどのニーズがありそうでしたら、イメージの保存フォルダと同様に、仮想化されていないフォルダを指定できるような設定を加えたほうがいいかもしれませんね。