不思議ですね。
技術的には、失礼ながら、別フォルダにある同名のファイルをコピーされている、というくらいしか思いつかないですが…念のためご確認いただけますか?
それと、原因がわからないので、現象の出ているファイルをひとつだけお送りいただけますか? 以前その要領のメールをお送りしたのですが、念のためこの後に再送しておきます。アップロードできる容量に制限があるので、ファイルひとつだけでお願いします (DSDのファイルだと、それでも大きすぎてダメかもしれませんが…その場合、どうやってこのレンタルサーバーの容量制限を解除したらいいか、いますぐにはわからないので (__; すこしお時間をいただいて調べます)。