こんばんわ。
現在先行版でリリース中の4.4.0は、たしかにTree Viewのネストが深めになっています。これは次のリリースでもうすこし浅くなるように調整しています。
本当は、昨晩も今晩も、それぞれ次の先行版リリースを目指していたのですが、大きな改修を行ったこともあって最終確認での細かい不具合が収まらず、まだ手間取っています。もうしばらくお待ちください。
それから、呑み込みが悪くて恐縮なのですが、「新しいデータを保存すると従来表示していたフォルダービューが表示されずにドライブDのみの表示に戻る」という現象はよく理解できませんでした。「保存すると」というのは、プロパティ(タグ編集)でタグを更新した場合のことでしょうか? また「フォルダービューが表示されずにドライブDのみの表示に戻る」と言われているのは、つけて下さったスクリーンショットから察するに、Tree Viewの展開されたノードが勝手にすべて閉じてしまう、というような感じでしょうか?