こんばんわ。
ご指摘ごもっともです(^^;。
設定系は、変更した機能に応じてソフトの内部を動的にリセットしなければならないので、付随的な機能でありながら難易度の高い機能です (わたしのスキルと基本設計の問題かもしれませんが…)。いまはだいぶマシになったのですが、設定変更操作を行ったときの不具合を連発していた時代もありました。
いずれ、すこし落ち着いたら、腰を据えて設定系の改善もやりたいと思っています。そのときに、この「適用」ボタンについても検討したいと思います。ささいな話ながらちょっと悩ましい問題として、ダイアログの下にボタンを増設するスペースがないという話もあるのですが…(^^;。