こんにちわ。
できればタイトルの順にきれいに並べたいのですが、
きれいに、と言われているのは、
○○○ ０１
○○○ ０２
○○○ ０３
○○○ ２ ０１
○○○ ２ ０２
○○○ ２ ０３というような順番のことを言われているのでしょうか?
おそらく、現在は
○○○ ０１
○○○ ０２
○○○ ２ ０１
○○○ ２ ０２
○○○ ２ ０３
○○○ ０３という順番で並んでいるものと思います。これは、Windowsではエクスプローラなどで一般的に行われている並び順にちかく、数字の部分の大きさを評価しています。
並び順は、世間でも目的によって妥当性の議論が果てしなく繰り返されてきているような気がしますが、TuneBrowserでは、さまざまな使い勝手を考慮して、現在の並び順が適切と判断しています (ほかにも、大文字小文字や欧州系言語のアクセント、ウムラウトなども考慮します)。
例示された番号の意味はわからないので外しているかもしれませんが、たとえば、
○○○ ０１
○○○ ０２
○○○ ０３を
○○○ １ ０１
○○○ １ ０２
○○○ １ ０３のような名前にして管理されるのが良いようにも思いますが、いかがでしょうか。