わたくしも同じような症状で悩んでおりまして、FLACファイルを連続して再生すると問題なく頭から再生されるのですが、WAVEファイルを再生したあと、別のFLACファイルを再生すると、質問者様がおっしゃられるように頭が欠けて再生されてしまいます。もしくは、TuneBrowserを起動して初めにFLACファイルを再生させるとやはり同じ症状です。WASAPIにて再生しているのですが、レイテンシーの値を上下させることで改善されるとのことなのですが、その設定方法などがわからず困っております。Realtek Digital Output を使用しているのですが、もしレイテンシーの設定方法などでアドバイスいただけましたら、お願いしたいと思っております。