nikuyamaさん、こんばんわ。ありがとうございます。
アップしていただいたログを拝見していて、すこし状況の理解が間違っていたことに気が付きました。
更新されたファイル/フォルダ群に対して「検出できないときもある」というのは、状況によってまったく無反応のこともあれば、調子よく検出できることもある、というように理解していましたが(なので起動時のエラー検知を気にしていました)、
そうではなくて、大量の更新情報に対して、ときどき取りこぼしている情報がある。という感じなのですよね(ちがっていたら教えてください)。
それであれば、原理上、大量更新発生時には取りこぼすケースというのはどうしても発生します。だから仕方がないと居直るつもりはないのですが、あとはいかに取りこぼしを減らすか(同時に更新を処理する時間を少なくするか)という程度の問題になります。
現在の処理には、取りこぼしをあらかじめ想定したリカバリの処理も入れてあるのですが、行われているやり方(=サブフォルダを大量に更新する)では、うまく機能していないようです。
もしこの理解が正しければ、その観点でもっと性能を上げることができないか、検討してみます。理解が間違っているようでしたら、また教えていただけますでしょうか。
よろしくお願いします。