こんばんは。お手数をおかけしています。
個々の設定ファイルをTuneBrowserのウィンドウにドロップして暫定的に復旧に近い状態にできたとのこと、了解しました。まずはよかったです。
デスクトップ版でのこの種の問題は、わたしの記憶にあるかぎりではご報告はありません。もろちんわたしの環境でも発生していません。そのため現在のところはUWP版(デスクトップブリッジを使用した環境)固有の問題だろうと考えています。
UWP版をインストールした環境にデスクトップ版をインストールすることは、問題ありません。基本的に別のソフトとして動作します。
どうぞよろしくお願いします。