こんにちは。TuneBrowserのご利用ありがとうございます。
画像類を拝見したところでは、二重に表示されている理由は思いつきませんでした。
エクスプローラーのスクリーンショットは、おなじフォルダを示しているのだと思いますが、どのようにこのフォルダを表示させたのでしょうか。
またLibrary Viewerの内容は、どのツリーノードをクリックして表示されたものでしょうか。
またトラックの一覧でトラックの冒頭部に表示されるアンカー (四角がふたつ表示されたボタンのようなもの) にマウスカーソルをあてると、パス名などの情報が表示されます。固定的な表示のできないウィンドウでちょっと見にくいかもしれませんが、そのあたりも確認してみてください。
ファイルの拡張子 (コーデックの形式) がちがうとおなじトラックが複数あるように見えることがあります。ただ既定の設定だとコーデックが異なると別アルバムになるようにしているので、通常は同一アルバムにはなりません。ただしTree Viewでフォルダーツリーを選択していると、以前の設定ではフォルダー単位の分類になるので、混ざってしまうことはあります。