こんにちわ。
リッピング時の問題ではなくデコードの問題と言われていましたが、アップしていただいたログはリッピング時のものですね。言葉の捉え方の問題かもしれませんが、やはりリッピング時に発生している問題だったと理解しました。ちょっと問題を捉え違えていました。
Version 5になって、Change Logにもあるように、たしかにHDCDの処理を変更しているところがありますが、これは16ビットデータだけを対象としたものです。ですので、CDのリッピング時には影響はなさそうです。念のためわたしの手許のReference RecordingsレーベルのCD (大植英次とミネソタ管のもの3枚) で試してみましたが、全トラックHDCDとして24ビットで記録され、問題はなさそうでした。
なにかTBLoverさんご利用の環境で問題が発生しているとは思うのですが、わたしの環境での検証と処理の確認では問題が見つからず、次の手が見つからない状況です。しばらく次のリリースは控えるようにしますので、なにかほかにお気づき点があれば、また情報いただけると助かります。