こんばんわ。
これは、CDからのリッピング時にエラーがあったと言われているのでしょうか?
そうだとして、確認なのですが、HDCDであるという確度はとれくらいのものでしょうか? というのは、HDCDであるか否かというのはCDというメディア単位で判定するもので、トラック毎にHDCDである/ないという動作はしていないためです。
トラック毎にビット深度に差が出るとしたら、Pre-Emphasisの指定がある場合です。ただTuneBrowserのPre-Emphasisの動作については、過去このフォーラムで複数の方から幾多の検証をしていただいた後にリリースしていますので、不具合のある可能性はもう相当低いのではないかと思います。そのため可能性としては、ご使用のメディアにその通りにPre-Emphasisのフラグが設定されていたということではないかと思うのですが、いかがでしょうか。