こんばんわ。
他のソフトでも発生するということは、元の音源ファイルに何か問題があるのだろうと思います。通常の再生時、ふつうのソフトはファイルに確認されている順番にデータのかたまりを取り出して音に出します。具体的にはわかりませんが、この順序を乱す要因がファイルのどこかにあるのだろうと想像します。
シークすると再生できたり、そのまま再生できるソフトがあるというのは、この順序について補正がかかるためと思われますが、そのまま再生できるソフトは、通常の再生時でも補正をかけながら再生しているのかもしれません (あまり効率はよくないかも)。
具体的なことが書かれていませんでしたので、こちらもあまり具体的なことは書けませんでしたが、こういうように感じました。