こんにちわ。興味深いご報告をありがとうございます。
dBpowerampでHDCD+6dBにリッピングする際には、ReplayGainのような付加情報をタグに加えるのではなく、PCMの波形そのものに+6dBされているのでしょうか。
そうだとして、その状態でHDCDのシグネチャの検出に成功することがまずは驚きです。そして+6dBされている状況ですから、(HDCDはレベルを操作するものではないと思いますが)補完の状況によってはクリップが発生してノイズが聞こえたとしても不思議ではないように思います。
dBpowerampでHDCD+6dBにリッピングした後は24bitデータになっているようですが、この状態でHDCDでデコードも行われているのでしょうか? つまりTuneBrowserはHDCDのシグネチャを検出してHDCDデコードを行っているわけですが、それは二重にデコードするような結果になっているということでしょうか?
もしそうであれば、16bitではない音源に対してHDCDシグネチャの検出を行わないようにTuneBrowserの動作を見直したほうがいいのかもしれません。