ご丁寧に恐れ入ります。
言い訳ではありますが、日々わずかな時間のなかでフォーラムの対応をしておりますので、応対に丁寧さが欠けていて申し訳ないです。
それで、問題の事象ですがおかげさまで再現させることができました。WavPackの問題というよりは、一時停止→再生(一時停止の再操作ではなく)の操作において、内部の状態の管理に不備があり、結果としてデコーダの種類・状態によって曲の切り替わりが認識できない(CUESHEET方式の場合は次の曲に突き抜ける)ことがあるようです。
ほかの件とあわせて、近日中に対処できるようにしたいと思います。よろしくお願いします。