更新されているはずのデータが読み取られない、という事象は、私のところでもごく稀に発生します。他のアプリとの競合は例であって、ひょっとしたらTuneBrowserのどこかに問題があるのかもしれませんし、そのファイル形式を解析しているデコーダのソースに問題があるのかもしれません。規則性がなくごく稀にしか発生しない上に、たいていそういうときには他のファイルも一括で処理しているので、事象を捕まえて解析できるに至ることは残念ながら稀です。
nikuyamaさんのところでは、FLACのアーティスト系のタグが正しく処理されないことがあるという問題が発生していたと思います。この対策のために、次のリリースでは読み込んだデータの検証機能を強化する予定です。今回のような問題も、この検証機能でなにかわかるかもしれません。
ただこれはあくまでも想定原因に基いた検証ですので、想定原因を外していれば検証も効きません。検証をすり抜けて異常が発生するようであれば、またその事象を検討して検証機能を強化して、ということを繰り返していくしかなさそうです。