こんにちわ。
管理対象外のファイルだったのですね。TuneBrowserは起動時にプレイリスト(タブ)を読み込む時や、ファイルを選択してデータの更新を行ったとき、それらのファイルが属するフォルダを対象にファイル更新の確認を行っていました (フォルダを管理対象にして操作する、というのは大きな前提でしたので、管理対象外のフォルダ/ファイルへの考慮があまりできていませんでした)。
先ほどリリースした先行版(1357)で、これらの動作を抑制してみました。現在判明しているフォルダ操作はすべて対策したつもりですが、ひよっとしたらまだ網羅できていないかもしれません。
また、すでに登録されたファイルは自動で削除されることはないので、お手数ですが、余計に登録されてしまったファイルは手動で登録を削除していただく必要があります。ご了承ください。