こんばんわ。
拡張子がmetadata_editというファイルは、FLACのコーデックが内部で使用している中間ファイルですね。エラーメッセージも含めて考えると、ご利用のストレージには書き込みに問題があるのかもしれません。
どのようなストレージをご利用かわからないのですが、ストレージ内の物理的なHDDやSSDの問題のほかに、そのファームウェアやケーブルの質、あるいはWindows側のドライバなどが輻輳したアクセスに耐えられないのかもしれません。わたしが持っていた安価なUSBストレージは、USB3.0ケーブルで接続するとエラーが多発し、これをUSB2.0にすると、速度は落ちますが安定したということがありました。
あらためてTuneBrowserを確認したところ、変換時の並列化を制御する設定項目は、強制的に並列化をやめるようには設定できないことがわかりました。次回のリリースでは、その設定は追加してみようと思います。