CueシートについてXLD作者からの返答です。正常な形式でバグではないそうです。以下回答
これはいわゆるnoncompliant cue sheetと呼ばれる形式で、トラックごとに分割されたファイルを使ってcue sheet上でプリギャップを再現するために用いられる形式です。よって意図された通りの記述であり、バグではありません。おそらく使用されているプレイヤーがこの形式に対応していないものと思われます。
参考: https://wiki.hydrogenaud.io/index.php?title=Cue_sheet#Multiple_files_with_gaps_.28Noncompliant.29