こんにちわ。
念のため動作を確認してみたのですが、通常のクロールでは指定したフォルダ以下のファイルしか読んでいないようでした。
よろしければログをアップしていただけないでしょうか。TuneBrowserを起動して、しばらくするとQuick Crawlが動作します。環境にもよりますが1分程度待っていただいて、
TuneBrowser上部のメニューから「表示」「ドッキングウィンドウ」「Log View」を選択いただくと、TuneBrowserの下部にLog Viewが表示されます。そのViewの下のほうにいくつかタブが並んでいますので「Crawler(Periodic)」選択してください。
ログはたくさん表示されているかもしれませんが、最初の20行くらいで結構です。このログはマウスで選択、右クリックでコピーなどができます。
よろしくお願いします。