こんばんわ。
確認をしてみたのですが、X_LASTUPDATEは正しく設定されているようでした。すべてのファイルが同じ日時になってしまうようなことはありませんでした。
作成日時については、管理できるようにすることは検討してみます。ただご存知と思いますが、すくなくともWindowsではファイルをコピーすると作成日時は(新しくファイルを作るので)コピーした日時になってしまいます。データベース化して長く管理していくには、あまり使い勝手のよいものではないような気がします。
ほかに、ENCODINGTIME系のタグを使うという手もありますね。わたしはそうしています。ただ元のファイルにこのタグが設定されていなければ使えないですが。