こんにちわ。ご無沙汰しております。
設定でフォルダを管理対象から外した場合、それまで登録されていた楽曲の情報は、自動では削除されません。TuneBrowserは管理対象ではないフォルダのファイルも (エクスプローラからTuneBrowserへドロップするなどした場合に) 管理できるようになっていて、管理対象から外したフォルダはそれとおなじ扱いになります。
また、管理対象外のフォルダになりますので、そのフォルダから実際のファイルを削除しても、追従しなくなります。
登録された楽曲をデータベースから削除したい場合は、フォルダツリーなどのノードから右クリック、「データベースからの削除」で削除してください。
もしわたしの理解がまちがっていたらすいません。よろしくお願いします。