Hoshiさん、こんにちわ。
先ほど4.9.0の先行版1439を公開しました。CDの取り込み時のEmphasis/HDCDの設定が保存されない問題を改善しています。
それから、
PRE_EMPHASISタグが1のファイルを変換したときに、変換後のファイルのPRE_EMPHASISタグが1のままになっていました。
の件ですが、処理を確認したところ、DeEmphasisを行うとPRE_EMPHASISタグはクリアするようになっていて、うまく再現させることができませんでした。CD取り込み時のPreEmphasisフラグの取り回しを見直していますので、お手数ですが、新しいバージョンで再度ご確認いただけないでしょうか?
(CDの取り込みと変換は、入力ソースの扱いや並列処理の駆動方法など以外は、基本的には同一の処理構造となっているため、CDの取り込みの設定が保存されない問題なども多少影響する可能性はあります)
お手数をおかけしますが、よろしくお願いします。