こんばんわ。
「TreeViewのフォルダーツリー表示」と言われているのは、Tree Viewのフォルダーツリー上の下位ノードの表示ではなく、そのノードをクリックしたときのLibrary Viewerのほうの表示のことと理解しました。
「グループソートクエリ」を指定されるのであれば、%_FILEFOLDER%のほうが負荷面で有利かもしれません。
で、この問題ですが、ご指摘をいただいて考えたのですが、ツリークエリに個別にグループクエリが指定されている場合は (既定の設定ではそれはフォルダーツリーしかありません)、そのグループクエリ順にするのが適切かも、と思いました。次のリリースではそのようにしようと考えています。そうすると、旧来と変わりなく動作することと思います。