こんにちわ。
これに類似した現象は、たしかにときどき発生します。おそらく、ASIOドライバが持っている情報と、実際のデバイスの状態に齟齬が発生してそのようになるのではないかと推測していますが、残念ながらk86uさんも言われるように発生が稀で、TuneBrowser側でなにかできるのかどうかといった追い込みができていません。
ちなみに、「FLACファイル」とありますが、これはFLACファイル以外では発生しない、という意味ではないですよね? 発生するときに再生していたファイルがFLACだった、ということだと理解しています (つまり、FLAC固有の問題ではないだろうと思っています)。もし理解がちがっていたら言ってください。