こんばんわ。ファイル受領しました。
早速調べてみたところ、たしかにサンプル数を半分として取り扱うような内容になっていました。技術的な細かい話にご興味がおありかどうかわかりませんが、前回M4A(AAC)ファイルのデコードはFFmpegを利用していると申し上げましたが、それと平行してiTunesのギャップレス情報/ReplayGainを読み込むために、べつの手段でのファイル解析も行っており、その情報(TimeScale)間で不整合が発生して、結果としてサンプル数が半分になっていました。
どう対処すべきか迷ったのですが、先ほど公開した1396で暫定的な対処を入れてあります。他の方からのご報告も含めて、これで問題なさそうであれば、いったんこの対処で行こうと思います。またご確認いただければ有り難いです。