こんばんは。x64版ですがこちらでは特に設定が戻るといったことは起きてないですね。
試しに1384と1387から1388にしてみましたが設定は維持されていました。またAVX2やUWP版のみの現象だったりするのでしょうかね？
Tokuさん、Naosさんが既におっしゃってくれていますが
エンコードツールの部分はlame.exeやqtaacenc.exeがある場所を指定できていますか？
初期ではエンコードツールの名前だけ記載してあるだけで、MP3とAACは自身でエンコードツールがある場所を指定しなければいけません。一例として (C:\Program Files\lame.exe) など。
そうして設定を保存すればそのエラーは表示されなくなるはずです。ちなみに設定名を自分で決めて設定を保存すれば、新しく設定が増えるので自分好みの設定名と設定をいくらでも増やせます。