とすると、今回の事象は、CUESHEET内で定義された情報と、本体ファイルに定義された情報と、両方が登録されてしまったような印象ですが、合っていますでしょうか。
基本的に、TuneBrowserはInternal CUESHEETを見つけると本体ファイルの情報は登録しないのですが、なにかのはずみで両方登録されてしまったのかもしれません。本体ファイルのほうの情報を「データベースからの削除」で削除して、ようすを見ていただけないでしょうか。
もしまた本体ファイル側の情報が復活するようであれば、また教えていただけますか。いちおうInternal CUESHEEETの処理はざっと確認してみたのですが、すぐには問題のありそうな点は見つけられませんでした。
それにしても、APEタグでInternal CUESHEETというのがあるのですね。これはFLAC専用とどこかに書かれたものを見た記憶もありますが…。TuneBrowserはタグ形式には依存しないようにInternal CUESHEETの処理は作ってあるのですが、ひょっとしたらタグ形式依存のところがTuneBrowserのどこかにあるのかもしれません。