エラー内容はフォルダを開けなかったという意味ですが、これはTuneBrowserで変換後に自動で開かせる場合でも手動で開く場合でも、曲が保存されているフォルダを2フォルダ以上エクスプローラーで開く動作をさせると必ず出るエラーですね、実際には開けてはいるのですが。
私はエクスプローラーをQTTabBarというのを使って少し変えているのでそのせいかなと見送っていましたが、TuneBrowserの不具合の可能性が高そうかな？
1フォルダの場合でもたまに出ますがこちらは条件が分かりませんね、どちらにしろ改善してもらわないと治らないと思います、別トピックにした方が良さそうではありますがどうなんでしょうか。
コンバートの件ですが、先程の時点で条件をなるべく同じにすべく、実際にCUEシートを分割して変換していましたがやはり圧縮率は最大だったのでこちらでは正常っぽいです。
聞く限りでは想像ですが、エンコード時のパラメータが逆になっているのと内臓エンコーダの圧縮率が低いのは恐らく原因が同じな気がします。
原因として私が思いつくのはTuneBrowserのバージョンくらいですね、後は32bit版か64bitかAVX版かUWP版かの違いくらいなもんです、ちなみに私は現在の正式版で通常の64bit版を使用してます。
私が分からない事を想像して予想するのは的外れで正直ほとんど意味がないのでこの辺はTikiさんのお力が必要かと思います。