どなたからも投稿がないので投稿させていただきます
昨年、同じ現象に遭遇しました
僭越ですが、その時の対策をお試しいただければと思います
タグエディタMp3tagを使用します
・Mp3tagでFLACファイルのみ読み込みます
・最適化したいFLACファイルを選択（複数選択可）します
・選択したFLACファイルを右クリックします
メニューから”ユーティル(U)”を選択すると”FLACのデータ構造を最適化”が実行されます
・最後に”フィールドすべてを保存”を実行すれば終了です
この最適化したFLACファイルで正常に再生できるとか思います
ただし、今回の方法が解決に至らない場合はご容赦ください