ありがとうございます。
細かいですが、検討の方針を考える上で大切なので(もしおわかりになれば)確認させてください。
更新のかかったポータブルディスクを差し込んだ時点で、（そのディスクを管理対象としている場合には）すぐに検知とツリー更新が始まり
この点は、TuneBrowserの動作は(4.2.4では)問題ないと理解していますが、合っていますでしょうか.
あるいはポータブルディスクから管理対象としている据え置きディスクにFastCopyやエクスプローラで同期をかけた
今回、問題となっているのは、この点ですよね.
手動Crawlであれば、おそらくほぼ取りこぼしなくDB更新しているように見受けられるので、そのあたりの振る舞いの統一を行っていただくことができればよいのでは、と門外漢ながら存じます。
手動クロール相当の動作をさせるのは簡単なのですが、あるフォルダ以下を総スキャンしますので、時間がかかりますよね。ですので、このやり方は(以前から何度かやりたい衝動には駆られるのですが)ちょっと難しいかなと思います。せっかくご提案いただいたのに、すいません。