こんばんわ。
TuneBrowserは、ファイルのフルパス名とサブソングインデックスの組合せはユニークでないとデータベースに登録できないようになっているので、おそらく実際におなじ曲で異なるパスのファイルが存在しているのではないかと思います。たとえば、複数のCUEファイルから参照されているような場合です。
トラックを選択して右クリック-「エクスプローラーで開く」を選択いただくと、そのファイルがエクスプローラーで表示されます。おなじに見えるトラックをさらに選択して同様に「エクスプローラーで開く」の操作を行っていただくと、なにかわかるのではないでしょうか。