Tikiさん、
バイナリ一致ということですから、コンピュータのアプリケーションソフトであるTuneBrowserではこれ以上お考えにならなくてもいいのではないでしょうか、というのが私の思いです。
コンパイルの方法、あるいはコンパイラの違いといってもいいのでしょうが、それにより音源データー自体が変化するのであれば、つまりビットパーフェクトでは無いということであればこれは対策を考える余地があるでしょうが、少なくとも音源データ自体のバイナリデーターに全く変化がないのであれば後はTuneBrowser以降の系統の問題ではないかと思います。それはTuneBrowserから送られるデーターを受けるDACの違いによる問題とか、それ以降のアナログアンプやスピーカーの守備範囲に入ってしまうのであればTuneBrowserがどれだけ頑張っても音質の解決・変化にはならないんじゃないか、というよりそれ以上なす術がないと思うんです。ただ、バイナリ一致であってもTuneBrowserがOSのAPIを叩く段階で違いが生じるかもしれないとか、リアルタイム再生でのデコードに関わるというような点が生じているというような恐れがあると疑われるのであれば再生ソフトであるTuneBrowserの改善を考える余地は出てきますが、ここ10年ぐらいのPC環境（ハード・ソフト両面）を考慮に入れてその中で普通に音楽を聴く場面でそこまでの影響はあるのかな、と思ってしまいます。実際のところ、このトピックで話題になっている現行バージョンのTuneBrowserと先発のバージョンのそれとの違いは私には判りません。(^^ゞ
もっとも、私はバイナリ一致であれば絶対に音質変化は無いという意見に全面的に賛成しているわけではありません。世間には『やはり違うものは違う」という耳をお持ちの方は現にいらっしゃるのですから。しかしTikiさんがおっしゃっておられるB&Wのスピーカーのように劇的に音質を変えてしまう（B&Wが悪いという意味ではありません。JBLとTANNOYの音の違いはハッキリしているというような意味です）要素がある以上、良い音って一体何だろうといつも考えてしまいますね。これがオーディオの楽しくもあり辛い所でもあるのでしょうが結局はその人それぞれの好みに落ち着くのであれば再生アプリケーションに求められることは「ビットパーフェクト」しか無いと思います。音源データーに対して何も加えず何も削らない結果がビットパーフェクトではないでしょうか。