こんばんわ。
正確なところはヤマハなりSteinbergなりに確認しないとわからないのですが、
カーネルミキサーから出たこれらの余分な音がTuneBrowserから出た音とどこかでミキシングされるということですよね？
それはそうなのでしょうけれど、まず、特にデジタル処理において、ミキシングが必ずしも音を悪くするわけではないですよね。カーネルミキサーは副作用的に音を変形させてしまうから評判が良くないのであって、ミキサー、ミキシングという操作すべてが「かならず音を劣化させる」ということはないと思います。あとはドライバ内で行っていると推察されるミキシング処理の内部がどうなっているか、ですね。そこは残念ながらわかりません。