バージョンアップで設定が初期化されたと書きましたが、どうもこちらの勘違いのようです。思い出してみると、Tokuさん同様、先行版をインストールして挙動不審になった時にTuneBrowserを入れ直して様子を見た記憶があります。そして入れ直した時は「設定のインポート」でアルバムビュー等の設定を復元していました。
そこで上記の操作を改めて再現してみました。私はAACは使っていないので、MP3だけの検証になります。lame.exeはTuneBrowser.exeとは別のフォルダに入れてあります。この状態でTuneBrowserをいわゆるクリーンインストールし、その後「設定のインポート」を実行します。この操作によりアルバムビューの設定等は復元できても、MP3への変換設定は復元できませんでした。「設定のインポート」でMP3への変換設定も復元できると思っていたのですが、それが間違いの元だったようです。お騒がせいたしましたm(_ _)m