こんばんは。
アップロードされているファイルのダウンロードを試みましたが、1GBを超える大容量のようで、長時間待っても終わらず断念してしまいました。
スクリーンショットをよく見ると、タグの書き込みで失敗をしているのですが、そのFLACエンコーダから得られている失敗理由には異常は示されていないようです (FLAC__METADATA_CHAIN_STATUS_OKになっている)。一時的な競合によるものかもしれませんので、タグデータの書き込みに失敗した場合はリトライを行うようにしました。
この対策をした先行版1631をアップしています。よろしければお試しください。