仔細の説明ありがとうございます。
わたしはホバリング検知待ちの後にウィンドウが消える動作に慣れてしまって、あまり操作の課題に気がついていないところもありそうです。今日検討していたのですが、たとえばクリックでウィンドウを消す場合、おなじアンカー上のクリックだとウィンドウが消えてまたすぐ表示するような動作になるので、単純な対処というわけにはいかなそうですが、なにか改善はしたいと思っています。
2のケースについて、ちょっとちがう話ですが、ポップアップしたウィンドウの右上にX印の部分があり、ここをクリックするとすぐにウィンドウが消えるようになっています。ご承知とは思いますが、念のためお知らせしておきます。