ライブラリ全体に横断的にリプレイゲインというのは、すべての曲に一律のゲイン調整を行いたいということでしょうか。
あるいは個々の曲のトラックゲインを適用したいということでしょうか。
前者は、事実上ボリューム調整とおなじことになるとは思いますが、それとは別にTuneBrowserには全体ゲインという機能もあります。
後者は、再生の設定で (アルバムゲインではなく) トラックゲインを適用させることはできます。
なお、曲数が多すぎるから停止するということはなさそうな気がします (絶対ないとは言い切れないですが)。なにか別の問題があって止まっている可能性もありますので、よければログを添付ファイル(Attachments)としてつけていただければ確認することはできます。