なるほど、Audiogateはギャップレス再生をサポートしていないようなので、そのあたりの問題が出ないのですね。
とすると、これはもう外しているかもしれないのですが、使用されているDSDファイルはDSF形式のようですので、DSDIFF形式にはできないでしょうか。DSF形式にはブロックサイズという概念があり、サンプルデータがこのブロックサイズにちょうど収まらない場合は、ブロックの残余部分になにか不整合が生じる可能性があり、DSD出力されているシステムによってはそのようなデータになっている可能性もあるかもしれないなと考えていました。
フォーラムのデータのアップロードは添付操作の部分に書いてあるように、512KBです。
TuneBrowserがギャップレス再生をサポートしないようにすると改善できる可能性はありそうなので、考えてはみますが、現在のところはその予定はありません。